教会对同恋者的迫害是有一个过程的。

在16世纪，欧洲的一些民主义者甚至把他们镇压同恋的爪伸到国外去了。西班牙民者登上洲大陆后，首先遇到墨西哥的阿兹特克人，并首先被他们之中盛行的同恋所震惊。从1519年起，最初的民者就不断地报告这些同恋现象，并记民者的编年史。最初，民者只发现墨西哥湾一带有同恋，但到1552年时发现，他们所涉足的中洲地区内所有的印第安人都有这习俗。直到1952年，现代民族学家仍然发现，在三分之二的印第安落中，人们认为青少年的同恋是合

当时，对不同的同恋行为有不同的惩罚方式，据当事人的年龄、职业、主动或被动、初犯或惯犯等情况不同来量刑。例如，中世纪初期忏悔室内的《牧师手册》对同恋者的罚有以下的规定：20岁以下的男“单纯接吻”者禁6天；“放肆接吻”者禁10天；20岁以上的男“互相手”者判20天或40天苦刑，再犯者判100天苦刑，惯犯者判隔离和一年苦刑；将置于对方大间者，如是初犯，判100天苦刑，再犯者判一年苦刑；判四年苦刑，惯犯判7年苦刑；判7年苦刑。

忍而降下大火和硫磺予以毁灭。但是索多玛的居民究竟犯了什么罪，后人一直不清楚，有人说是“傲慢，通，过分好客，没有宗教信仰”，有人说是“通与不洁”，但正统教会接受了公元1世纪亚历山大城的斐诺的看法，斐诺认为索多玛城的居民犯的罪是同恋，他指责说：“索多玛城的居民不顾自然法则，狂饮烈酒，暴味，行不自然的，他们不仅纵于女人而使别人的婚姻破裂，而且违反自然，男间相。结果，当他们想要小孩时，却发现自己已无法生育。”

这迫害同恋的法在欧洲中世纪的中后期更趋严重，只是到近一二百年才有所好转。法国在放弃火烧女巫的陋俗以后，有很长一段时间改为火烧同恋者。但是到了1752年，人们这方面的观念已改变了许多，《拿破仑法典》对同恋“判罪”已作了相当程度的放宽，到了1860年社会已基本容忍同恋。在英国，1861年以前法律仍明文规定对同恋者要判死刑；到1861年，将死刑改为10年有期徒刑至无期徒刑。直到1967年，英国法律才使彼此同意的成年人之间的同恋关系合法化。

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在公元3世纪时，尽基督教在罗帝国已有举足轻重的势力，但统治者仍不敢禁止同恋。因为当时同恋在军队中很盛行，如果禁止同恋，势必会激起军队的不满和反抗，从而影响政权的巩固。

到了公元6世纪，情况有所变化。当时的拜占帝国（东罗帝国）独与修制开始得较早，惩罚同恋也早。公元538年，皇帝查士丁尼在把罗法和教会法综合的基础上颁布法律，说同恋“引起饥荒、地震和瘟疫”，对个人则“丧失灵魂”，因此，为防止国家和城市的毁灭，必须严禁。惩罚的手段之一是公开示众后加以阉割。到了公元541年至544年，拜占发生大鼠疫，人们都归罪于同恋者。由此，在希腊人、犹太人那里不过是一风俗和习惯的同恋，在教会那里变成了“反上帝之罪”，在世俗政权那里则变成“危害国家、危害公众罪”了。

在教会内，也是大张旗鼓地惩罚同恋。公元567年，基督教会在第二次图尔宗教大会上宣布，禁止两个男修士同睡一张床，以后又禁止两个修女同睡一张床。公元693年，在西班牙托莱多的宗教大会上又宣布，任何一级教士若有同恋，将受到从降职、降级到终生放逐、到死后下地狱的惩罚。100年后，西班牙国王又加上一条：以阉割。