设百；百下辖2总旗；总旗下辖5小旗。

和以前的朝代一样，明代这卫所制的军队编制也没有贯彻始终，到了明中期后，明军的编制又随着募兵制的盛行而发生变化。而且这新的编制因为募兵常常是由各地将领在本镇（相当于军区）组织的，全国并不统一。朝廷直接指挥的“三大营”开始采用“营”为基本编制，回到过去宋代的编制。营设参将，以下仍然沿用小旗、总旗、百的基本编制。

在福建、浙江编制的抗击倭寇的军队，则以5位制，5人为伍，5伍为甲，5甲为队，若个队组成营，若个营组成镇。戚继光的“戚家军”则又不同，5人为伍，2伍为队，4队为宗，5宗为哨，4哨为营。戚继光在蓟镇组编的军队，又采用3位制的编制：12人组成“队”（分为杀手队和鸟铳队，前者以近距格斗为主，2名圆牌手、2名狼筅手、2名长枪手兼弓箭手、2名钯手兼火箭手、2名大手兼弓箭手、1名火兵和1名队长混编；后者10名鸟铳手和1名火兵、1名队长），3队组成1旗（设1名旗总，共37人），3旗组成1局（设1名百总，共112人），3局组成1司（设1名把总，共449人），2司组成1（设1名千总，共899人），3组成1营（设将官，共2699人）。

满族军事实力在关外逐渐壮大的同时，开始建立八旗制度。其兵民合一、平战一的基本编制是10人为1队，若队组成“塔坦”（村落，设章京），4个塔坦组成1个“录”（以300人为标准，设佐领），5个录组成1个“甲喇”（设参领），5个甲喇组成1个“固山”（即“旗”，设固山额真，即旗主）。录为基本战术单位，固山为战略单位。这编制后来推广于蒙古八旗和汉军八旗，但实际往往并不足额。比如蒙古、汉军八旗不到300人就可以编为录。关后八旗兵长期维持这一编制系。

作为清朝关后主要军事力量的绿营兵，是由关时逐步收编投降的明军组成的，而明末军队已不复有全国统一的编制，绿营兵的编制开始就很混。以后又因为满清统治者视绿营兵为治安军，并不以提战斗力为编制原则，因此绿营这混的编制长期保留下来。

绿营兵编制总的来说是以“营”为基本单位，据驻防地的重要，各设有参将（正三品）、游击（从三品）、都司（正四品）、守备（正五品）等军官；而各营又照长官的等级以及驻防重要规定有不同的兵员编制数目，在200—1200名之间。营以下也没有统一的编制，而是分“汛”驻防。各汛分设“千总”（从六品）和“把总”（正七品），其所辖兵员定额也各不一致。照全国有60万绿营兵，除以1653个千总、3414个把总，每汛不过百人而已。汛下又有“塘”、“卡”、“哨”等编制，最小的不满10人。

营以上的编制也是毫无统一。一个战略地的各营隶属于“镇”（设有总兵，正二品），该镇总兵直属的若个营组成“协”，由副将（正三品）指挥。各省设提督（从一品）统领本省的绿营兵驻军（有的省不设提督，由巡抚统领），若个省组成大军区质的总督辖区，由总督指挥。这些提督、巡抚、总督也拥有直接隶属的若个营组成的“标”。

而且以上所讲的绿营兵编制还是平时驻防编制，如果要征调征，又不是成建制的调动，而是要从各省各镇各营各汛调官兵，来重新组编成战斗队。这战斗队的编制居然没有一个固定的成法，一般的原则是以原来从属于某一镇的官兵重新组编为一个营，从一个省调的队再组编为一支军队。