疲倦地工作，拿破仑接到了关于首都和帝国形势的一系列报告，理他离开黎后积压的所有问题。然而，他的大分时间集中在对陆军大臣克拉克、费尔特雷大公和纳夏泰尔大公、贝尔埃元帅发布一系列新的命令、指示和决定。

然后，在10月29日午夜，拿破仑最后一次拥抱了妻约瑟芬，乘上车，发前往西班牙。

11月3日到达荣纳，拿破仑对于那里的形势很不满意，他指责陆军大臣的首席执行官德让将军，使他的军队“衣不蔽”：

德让先生，附上军需官的一份报告；你会看到，我的命令执行得糟糕透了！仓库里至今只有1；500件大衣、7；000件斗篷，而不是要求的50；000件。只有15；000双鞋，而不是报告上说的229；000双。所有的资都不足……我的军队，上就要开赴前线，却没有衣服穿，没有鞋穿……甚至没有足够的制服给新兵。你给我的报告只不过是虚构故事，是几张毫无价值的废纸！

经过两天的张工作、视察、指示，拿破仑的车里装满了文件、报告、地图，在重兵护送下，带着由大量新兵组成的队越过了西班牙国境，于11月7日抵达维多利亚——拿破仑亲手燃了第二次西班牙战役的烈火。9万生力军开了西班牙和原在那里的队会合，拿破仑有两个主要目标：征服牙，把英国人驱逐去；击溃西班牙抵抗军，重新占领德里。拿破仑在西班牙的军队有8个军团共计30多万人，后备军还在源源不断地从法国经荣纳开西班牙，成千上万辆四车满载从法国各地运来的衣、弹药和军需开赴西班牙。由于法国报纸受到严格控制，只知拿破仑在埃尔福特签订了和平条约，对西班牙的情况一无所知的法国老百姓看着自己的儿背井离乡，却不知战场在什么地方。

在伊比利亚半岛上等待拿破仑的是刚赶来的47岁的英军统帅约翰·穆尔爵士，他有5万人，其中一半是牙和西班牙人。穆尔是个能征善战的老将。他的军队以训练有素、装备良闻名，他的主要问题是没有充分注意到这次战役的地理特殊，带着的是一张错误百的过时军用地图，并且缺乏山地作战联络和与西班牙盟军协调作战的能力。

拿破仑在西班牙遇到了没有经历过的问题。西班牙的炎和燥对于参加过埃及战役的老兵来说，不足为奇；但在埃及，法军没有面临过需要同时在几对付有组织的抵抗军的问题。更糟糕的是，这些战役面对的都是些如同维多利亚、萨拉曼卡、布尔戈斯、瓦西亚、德里、维利亚、科尔多瓦和格拉纳达这样一些固的城池和要，由于这些地方十分分散，相距甚远，用兵也十分分散，拿破仑无法集中兵力作战。除此之外，还有致命的游击战，使法军长期穷于应付。即使偶尔有条件几个兵团协同作战，也由于指挥官之间的不和而失败——例如，内伊和苏尔特，内伊和拉纳，以及大多数指挥官都不喜的贝尔埃元帅。结果，拿破仑无法占领整个西班牙，然后计划军直布罗陀和北非，而是将他的锐主力陷在牙和西班牙的城池之争以使他的哥哥重返德里的国王宝座。火上浇油的是，约瑟夫国王一再声称他在西班牙已经受够了，不断恳求拿破仑让他回到相对平静的那不勒斯王国或者解甲归田回到法国的莫尔封塔尼当平民。